Die Kirche der Benediktinerabtei St. Peter, ursprünglich den Aposteln Petrus und Paulus geweiht, wurde in den Jahren 1724 bis 1727 durch den Baumeister Peter Thumb errichtet. Er hielt sich bei diesem, einem seiner ersten selbständig aufgeführten Werke, ähnlich wie in Ebersmünster im Elsass, noch ganz an die ihm vertrauten Formen des sog. Vorarlberger Münsterschemas. Seine künstlerische Entwicklung führte ihn bis in die Mitte des 18. Jahrhunderts zur Formensprache der Birnau und der Klosterbibliothek von St. Peter, dem schönsten Rokokoraum des Breisgaus.
 
Kommt man von Freiburg durch das Eschbachtal herauf, sieht man schon von weitem die prächtige Rotsandsteinfassade der Kirche mit ihren doppelten Zwiebeltürmen und der klassischen horizontalen und vertikalen Dreigliederung, in die die Figuren der Heiligen Petrus, Benedikt und Ursula eingestellt sind. Diese Fernwirkung wird erreicht, indem man gegenüber den Vorgängerbauten auf die genaue Ostung verzichtete - dem Barock war außen wie innen eine möglichst eindrucksvolle Inszenierung wichtig. Über dem Kirchenportal verweist das Wappen des Bauherren, Abt Ulrich Bürgi, neben seinem persönlichen Wappen, einer Burg, im Zentrum auf wichtige Orte der politischen Herrschaft St. Peter,  St. Ulrich, Sölden und Geiersnest. Die päpstlichen Insignien über dem Giebel erinnern demonstrativ an die dem Kloster ursprünglich gewährten Freiheiten, die in der Bauzeit der Kirche zunehmend in Frage gestellt wurden.

Beim Betreten der einschiffigen Kirche entfaltet sich die Pracht des "himmlischen Thronsaales", die mit ihrem Lichtspiel und den Details der Ausstattung zum Hochaltar als Abbild des Thrones Gottes und damit zum Ziel einer Wegkirche hinführt. Der ideale Blickpunkt befindet sich innerhalb des Hauptportals an einer Stelle, von der aus man kein Fenster sieht. Nach den drei Jochen des Langhauses, einem etwas breiteren Querhaus mit den kulissenartig nach innen gezogenen großen Seitenaltären geht der Blick durch das beim Gottesdienst geöffnete Chorabschlussgitter in den Bereich des Chorgestühls und zum barocken Hochaltar. In das durch Gurte gegliederte und am Choreingang von einem Triumphbogen (mit den Bildern der Klosterstiftung und deren päpstlichen Bestätigung) unterbrochene Tonnengewölbe greifen Stichkappen ein, in denen die ursprünglich für die Wandpfeiler vorgesehenen Apostel ihren Platz bekamen. Ihre Stelle an den Wandpfeilern nehmen die (wie die Fassaden- und Altarfiguren von J. A, Feuchtmayr geschaffenen) Figuren der Herzöge von Zähringen ein. Die mittelalterlichen Gründer und  Stifter, deren Gräber sich im Chorraum befinden,  stehen hier gleichsam als Garanten für Existenz und Rechte des Klosters: Die politische Bedrohung des Klosters in der Zeit der Aufklärung ließ die Kirche zum Fürstensaal werden.

Beim Gang durch die Kirche findet man auf und über den insgesamt acht Seitenaltären, die früher wegen der individuellen täglichen Messe jedes Priestermönchs notwendig waren, solche Heilige, die hier aufgrund ihres Patronats besonders verehrt wurden. Der letzte Seitenaltar links zeigt das Martyrium der hlg. Agatha und im kleinen Deckenbild deren Schutzfunktion gegenüber dem brennenden Kloster, nach insgesamt vier Bränden eine wichtige Aufgabe. Gegenüber wird Josef im Traum vom Engel ermuntert, seine Verlobte wegen oder trotz der unerwarteten Schwangerschaft zu sich zu nehmen, was dann mit der im Deckenbild gezeigten Vermählung realisiert wird. Die Strahlenkranzmadonna der Josefskapelle wurde aus der Ausstattung der Vorgängerkirche (17. Jh.) übernommen. Der linke mittlere Seitenaltar ist Ursula, der Patronin für eine gute Sterbestunde gewidmet: Im Bild darüber achtet sie darauf, dass die Seele des Verstorbenen trotz der Teufelchen gut in den Himmel kommt. Der Altar gegenüber zeigt den Katakombenheiligen Clemens, dem man eine heilende Wirkung gegen das Reißen, heute würde man wohl sagen gegen den rheumatischen Formenkreis zuschrieb. Die vordersten der kleinen Seitenaltäre zeigen in Altar und Deckenbild links Abschied und Martyrium von Petrus und Paulus, rechts den Tod des hl. Benedikt, dessen Patronat als Patron der Sterbenden im Deckenbild eindrucksvoll als ars moriendi, als Kunst des Sterbens inszeniert wird.
 
Die beiden großen Seitenaltäre sind (links) den mit St. Peter verbundenen Gebetsgemeinschaften, Bruderschaften und den Orten St. Ulrich und Sölden (mit einem ausdrucksvollen Markuslöwen), rechts den Bauernpatronen Antonius dem Eremit (der "Sautoni" für die Viehzucht) und Antonius von Padua (mit den Patronaten der Fruchtbarkeit auf dem Feld und in der Familie, für die Vergesslichen und die Armen) gewidmet. Der Hochaltar weist in St. Peter eine Besonderheit auf: Das große Bild wird im Lauf des Kirchenjahres achtmal gewechselt und macht ihn so mit der Idee des Kulissenwechsels zu einer volksnahen Bilderbibel.

Von der übrigen Ausstattung sind besonders bemerkenswert das Orgelgehäuse auf der Empore sowie die kleinen Gehäuse im Chorraum. Auf ersterem stehen aus dem Jahr 1730 mit den Patronen der Kirchenmusik, David und Cäcilia, die frühesten Werke des damals gerade 20jährigen Christian Wenzinger, von dem auch der Taufstein im Querhaus stammt. 30 Jahre später wurde in die Orgel mit einem Schild des Bildhauer Matthias Faller als Ersatz für die alte Kanzeluhr eine Uhr eingefügt, die im Blickfeld des Predigers hing.  Faller schuf auch die mit köstlichen musizierenden Rokokoputten bestückten Gehäuse im Chor. Die beiden Zähringerepitaphien im Chor verweisen mit ihrer Formensprache bereits auf den Klassizismus. Geschaffen (Bildhauer Joseph Hörr) wurden sie im Umfeld der 700-Jahrfeier der Abtei 1773 - man feierte zur Klosterzeit die Ursprungsgründung in Weilheim/Teck. Sie sollten, wie man aus der Rückschau weiß vergeblich,  Erinnerung und Mahnung an die markgräflich badische Familie sein, ihrem Stammkloster wie ihre Vorfahren Schutz und Rechte zu gewähren. Unter dem Chor liegt die seit wenigen Jahren - in der Regel um Allerheiligen - wieder zugängliche Gruft, ein Ort, an dem mit den Grabnischen der Mönche und einem Fußboden mit Kacheln möglicherweise aus der Frühzeit des Klosters Geschichte besonders anschaulich wird.